水產殺菌主要是對海洋、江河、湖泊里進行殺菌，也是為了養殖過程中避免出現水產品的異常死亡或病變等。殺菌首先想到的肯定是殺菌劑的種類，分為含氯類殺菌劑；醇類殺菌劑酸；堿類殺菌劑；重金屬鹽類；季銨鹽類殺菌劑等
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含氯類殺菌劑:主要是指溶于水中能產生次氯酸的一大類消毒劑． 目前常用的含氯消毒劑主要有次氯酸鈉、漂白粉、二氧化氯、氯胺一T、三氯異氰尿酸、二氯異氰尿酸鈉、氯溴三聚異氰酸等。該類消毒劑主要通過在水中形成次氯酸作用于菌體蛋白質，破壞其磷酸脫氫酶或與蛋白質發生氧化反應，致使細菌死亡。次氯酸分解形成新生態氧，將菌體蛋白氧化或氯直接作用于菌體蛋白，形成氮一氯復合物，干擾細胞代謝，引起細菌死亡。含氯消毒劑易受水中有機物和酸堿度變化的影響，且對器具有腐蝕作用，對魚體毒性也較大：氯制劑中含有的有效氯與水體作用生成各種鹵化物，產生多種不易揮發的鹵化有機物(如三鹵甲烷等)，同時氯制劑與水中氨作用，生成氯胺．對水中病原體不但沒有滅活作用，且達到一定濃度 漂白粉后．對水生生物還有毒副作用。
堿類殺菌劑:常用的有氧化鈣(生石灰)、氫氧化銨溶液(氨水)等。例，氧化鈣與水混合生成氫氧化鈣，并釋放大量熱，能快速溶解細菌蛋白質膜，使其喪失活力，從而殺死池中的病原體和殘留于池中的敵害生物。由于價格低廉，大量用于清塘和疾病預防。
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生石灰
季銨鹽類殺菌劑：常用的有新潔爾滅、洗必泰、度米芬、消毒凈、百毒殺等。分子結構中的疏水基團可滲入細菌胞漿膜和蛋白質層，使細菌的通透性發生變化，導致菌體內的酶、輔酶和代謝產物外漏，妨礙細菌的呼吸及糖酵解過程，并使細菌蛋白變性，具有殺菌濃度低、毒性和刺激性小、無腐蝕和漂白作用、水溶性好、性質穩定等優點。在低濃度下抑菌，高濃度時殺滅大多數細菌繁殖體和部分病毒，但對結核桿菌、綠膿桿菌、芽孢和大部分病毒的殺滅效果較差。季銨鹽類的殺菌效果易受水質硬度的影響，在酸性條件下殺菌效果較差。
水產殺菌劑的作用：
1、抑菌作用：像內服抗生素起到抑制病原生物蛋白質或核酸合成作用一樣，消毒劑抑制致病菌的繁殖，控制致病菌的數量和濃度，給養殖動物體質的恢復提供空間和時間，從而提高機體的抗病力。
2、改變水體的氧化還原電位：如發病的池塘氨等有害物質含量較高，水體的還原性物質積累過多，施用氧化劑如含碘消毒劑后，則能提高水體的氧化還原電位，降低氨、亞硝酸等含量，改善水質，為養殖動物提供良好的棲息環境。
3、絮凝作用：如季胺鹽類、含鈣的化合物等具有陽電荷，能絮凝部分有機碎屑、泥土顆粒等，有利于提高水體透明度，促進藻類繁殖，進一步改善養殖環境。
4、增氧作用：如季胺鹽類化合物能降低水體表面張力，增大氧氣的溶解度．從而增加水體溶氧另外部分氧化性藥物與還原性物質反應又減少了耗氧，相對起到增氧作用。
殺菌劑的效果有利有弊，任何殺菌劑對水質都有影響，所有不能盲目加大“殺菌劑”的用量．避免加大對環境的危害。
